Assurant le maintien de la qualité et de la diversité des présentations lors des Journées des Plantes, les Comités de Sélection forment le jury qui attribue le Grand Prix du Domaine de Chantilly et le Prix Autour du Jardin lors de cet événement. Le Grand Prix Domaine de Chantilly est attribué à un exposant pépiniériste pour la qualité des plantes présentées, leur intérêt et leur originalité, l'attrait de leur mise en scène. Le Prix Autour du Jardin est attribué à un exposant «Autour du jardin» pour la mise en valeur d’un savoir-faire traditionnel et/ou technologique. Sont concernés : les outils et accessoires innovants destinés au jardinage ; les objets et mobiliers renouvelant l’art de vivre au jardin.
Créé en 1989, il est constitué de plusieurs grands jardiniers venus de toute l'Europe. Il est unique et indépendant et attribue à chaque exposition les Mérites, Recommandations et Certificats Botaniques à des plantes remarquables.
Le prix du Domaine de Courson est attribué à un exposant pour sa mise en scène illustrant le thème de l'édition.
Le Prix des Collections est attribué à un exposant "pépiniériste" pour la présentation d'une "collection de plantes" - un Patrimoine Végétal Vivant - d'un même genre ou d'une même espèce, la plus riche et la plus diverse possible. Il est décerné par le Jury du CCVS (Conservatoire français des Collections Végétales Spécialisées)
Le Prix de la Botanique est attribué à un exposant "pépiniériste", lié à l'intérêt scientifique des végétaux, pour la richesse et la qualité botanique présentée à travers un grand nombre d'espèces différentes, participant à la sauvegarde et à l'enrichissement du patrimoine végétal. Il est décerné par le Jury de l’APBF (Association des Parcs Botaniques de France)
Le Prix de la Presse est attribué à un exposant "pépiniériste" pour la qualité visuelle ou la pertinence de sa présentation pouvant faire l'objet d'une communication écrite ou audiovisuelle.
Le Prix du Catalogue est attribué à un exposant pour la qualité et la transmission de ses connaissances à travers un catalogue "papier" ou "en ligne". Il est décerné par le Jury du CPJF (Comité des Parcs et Jardins de France)